در ابتدا باید گفت كه سیستم‌عامل ویندوز همانگونه كه از پیش حدس زده‌اید برای میزبانی بسترهای برنامه‌نویسی مایكروسافتی مانند انواع ویرایش‌هایASP و دات‌نت و بانك اطلاعاتی SQL سرور ایده‌آل است، ولی اگر سایت شما HTML، PHP و یا بانك اطلاعاتی آن MySql است باید گزینه لینوكس را انتخاب نمایید.

در توضیح بیشتر زبان‌های برنامه‌نویسی بالا و بانك‌های اطلاعاتی نویسنده این مقاله به علت پیشرفت عالی و بی‌نظیر مایكروسافت در سال‌های اخیر استفاده از سایتی با برنامه‌نویسی دات‌نت و نتیجتا میزبانی ویندوز را پیشنهاد می‌كند كه بستر برنامه‌نویسی آن به مراتب امن‌تر از PHP و بانك آن یعنی SQLServer به مراتب قوی‌تر از MySQL است و امكانات بیشتری را در كنار كاشه صفحات و دیگر تدابیر افزایش دهنده سرعت در اختیار شما قرار می‌دهد.

با توجه به اینكه معمولا میزبانی ویندوز گران‌قیمت‌تر از ویندوز است برای برخی مصارف كه نیاز به امنیت بسیار بالا نیست می‌توان از سایت‌هایی با بستر PHP استفاده كرد. از طرفی چون زبان PHP سورس باز است، پروژه‌های رایگان بسیاری از قبیل انواع سایت‌سازها، فروشگاه‌سازها، انجمن‌های مذاكره و بسیاری سایت‌های آماده رایگان دیگر در اختیار شما قرار دارند كه گرچه امنیت بسیار بالایی ندارند ولی نیازهای رایج بسیاری از كاربران را در زمینه وب برآورده می‌كند، لذا كسانی كه نیازهای محدودی دارند مطمئنا سیستم‌عامل لینوكس بهترین انتخاب برای آنهاست.

در رابطه با امنیت كلی سرورهای ویندوز و لینوكس باید گفت كه اگر چه به علت فراگیرتر بودن ویندوز هكرها و یا ویروس‌ها در این بخش فعال‌ترند ولی مایكروسافت بسته‌های رفع باگ‌های امنیتی خود را با سرعت بیشتری در اختیار سرورها قرار می‌دهد و با این كار خود را امن و مطمئن ساخته است و نباید از باب امنیتی دغدغه برای انتخاب یك سرور ویندوزی برای شما وجود داشته باشد.

به طور خلاصه از مفاهیم ذكر شده این نكته بر می‌آید كه اگر خواهان سایتی امن‌تر و حرفه‌ای‌تر با سرعتی بالا و بهره‌گیری از تكنولوژی‌های روز مایكروسافت و وب، باشید باید بهای بیشتری بپردازید و میزبانی ویندوز را انتخاب كنید چه بسا تمامی خبرگزاری‌ها و سایت‌های داخلی تصمیم به تغییر بستر سایت خود و مهاجرت به ویندوز كرده‌اند كه از جمله آنان سایت خبرگزاری جمهوری اسلامی ایران است، ولی اگر شما نیاز محدودی به یك سایت شخصی، یك وبلاگ ساده یا یك میز مذاكره عادی دارید استفاده از یك سرور لینوكسی به صرفه‌تر خواهد بود.